Sau khi miền Nam hoàn toàn giải phóng, đất nước thống nhất, để phục vụ cho công cuộc khôi phục và xây dựng đất nước sau chiến tranh, ngày 19/01/1976 Bộ Giao thông Vận tải đã có Quyết định số 222/QĐ-TC về việc thành lập Cảng Quy Nhơn, giao Cục đường biển trực tiếp quản lý. Theo sự điều động của Đảng, một bộ phận cán bộ được phân công tiếp quản cảng trên cơ sở một cảng quân sự phục vụ chiến tranh của chế độ cũ để lại, trang thiết bị, kho tàng, nhà cửa, công cụ sản xuất hầu như chẳng có gì.

Ngày 02 tháng 7 năm 1993, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải đã có quyết định số 1332/QĐ-TCCB-LĐ thành lập Doanh nghiệp Nhà nước Cảng Quy Nhơn trực thuộc Cục Hàng hải Việt. Ngày 06/07/2009, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải có Quyết định số 1936/QĐ-BGTVT về việc chuyển Cảng Quy Nhơn về làm thành viên Tổng công ty Hàng hải Việt. Ngày 31 tháng 10 năm 2009, Hội đồng quản trị Tổng công ty Hàng hải Việt Nam đã có quyết định số 804/QĐ-HĐQT về vịêc chuyển Cảng Quy Nhơn – Công ty thành viên hạch toán độc lập thuộc Tổng công ty Hàng Hải Việt Nam thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Cảng Quy Nhơn.